本季故事主要讲述了吴刚因修仙出错，被师傅处罚在广寒宫前砍伐破而重生的桂树。偌大的广寒宫，只有吴刚砍树的声音与嫦娥和玉兔相伴。三千年日月交替，吴刚与嫦娥互生情愫，两人本只愿这样在月宫平淡共度，不曾想，他们的爱却遭到了玉兔的纠缠，她偷食月晶石，将嫦娥打入转生池，更将吴刚困在了桂树之下。吴刚在月宫厨娘桂姨的帮助下，逃往凡界，寻找嫦娥，而且必须在月圆之前找到嫦娥，并与之相认。于是，吴刚开始了一场苦苦寻找嫦娥并与之相认的人间之旅……

　　乘坐飞船回到地球的嫦娥，无意中救下了被丧尸围攻的神秘男子阿野。逃入疗养院的二人却因嫦娥的古风举止与服饰被误以为精神病人而遭到关押。 年轻的医生姜歌注意到了这一切，在对嫦娥的“治疗”中，他发现了龟岛