故事发生在藤原拓海所属车队ProjectD与东堂塾在盐谷比赛的时候，池谷在关越自动车道的服务区偶然和碓冰峠最强组合“真子&沙雪”再会。因半年前的迟到而耿耿于怀的池谷这次终于下定决心要和真子道歉，可真子却先说有话要和池谷说，于是两人再次约定相见。当日，池谷为了不再重滔复撤而提前2个小时达到约定的地方，这时池谷遇上了一名迷路的老人。出于良心他送老人到了北轻井泽，而倒霉的池谷的车行至旧碓井峠的时候却发生爆胎事故。那么最终池谷能否和真子见面呢？……

这个大消息让好友阿树与池谷等人兴奋不已，然而拓海本人这个当事者却迟疑不决。面对即将毕业的未来，彷徨的秋季与冬季依然匆匆流过。与皇帝队须藤京一、小柏凯在沙雪与真子堪称是碓冰崖最快的Impact Blue双人组，但真子却因池谷的失约而让心情跌到了谷底。就在此时，帝王队想称霸群马县而先攻下妙义山的消息传到了真子与沙雪的耳中，而且妙义与碓冰的距离并不很远，于是两人准备迎接帝王队的到来…

本次的全新作品是纪念TV版动画播放20周年特别篇。剧中，听从黑衣组织命令研发出Apoptoxin4869的灰原哀等人将重新登场，而尚未和柯南相遇的少年侦探团、阿笠博士以及柯南尚未寄居到小兰家时的毛利小五郎也将会悉数亮相。

日本列岛西南方的“碧岛”被五大财阀之一的东江买下，约1/3改造成宏大的娱乐设施“白金牢笼”。许多人受东江的巨额补偿搬向其他地方，残留下的居民仍旧居住在“旧住民区”。在旧住民区商店“平凡”打工的濑良垣苍叶，和外婆及犬型智能伴侣莲一起生活，过着还算平静的日子。但他从以前开始，就受原因不明的头痛困扰。同时，大批倾慕他声音的人时不时的电话骚扰也让人烦不胜烦。这天，接到订单去送货的苍叶，在路上不知为何被卷入了异空间中，被迫和怪异的东西战斗。

无限的冒险，如今拉开序幕——根据每位玩家的不同行为以及性格，游戏习惯等进化为具备独特能力的系统。装载了如此极具梦想的系统，全方位体感VRMMO〈Infinite Dendrogram〉，在面世一瞬间便引发舆论狂潮席卷全世界。结束大学入学考试后在东京开始独居生活的椋鸟玲二，在哥哥的邀请下，首次启动哥哥之前推荐的游戏〈Infinite Dendrogram〉……