在他最好的朋友在鲨鱼袭击中丧生后，一只可爱却顽强的海豹奎因组建了一支海豹队，反击一伙从附近赶来的鲨鱼。但是，这支快乐的国际海豹突击队根本没有接受过这种任务的训练。他们寻求一个更熟练的战士，克拉加特

京都的舞鹤港口,日本海上自卫队正在举行难得的搭乘宙斯盾驱逐舰体验航海活动。柯南、小兰、毛利小五郎和少年侦探团等人当选,与全国各地聚集来的孩子们一起登上了这艘装载着日本最先进武器的宙斯盾驱逐舰,体验着在电子武装下的高科技舰船上展开的惊心动魄的航海。突然,巨大的爆炸声响起,紧张不安的气氛在舰内蔓延。宙斯盾驱逐舰在表演过程中居然发射出实弹?!不久,海面上漂浮着自卫队员的遗体!而凶手到底会是谁？